Я дома за компом не круглосуточно сижу, такшта с момента вчерашних манипуляций статистику еще не накопил, но вроде хард больше не лагает. Отпишусь через пару дней еще раз.
Ну в общем через почти неделю после вышеуказанных манипуляций полет нормальный. Похоже все решила разводка SDD и HDD по разным контроллерам (primary, secondary), подача к ним питания по разным кабелям, и выставление режима AHCI для обоих дисков в биосе. Еще очень помогает чтение мануала материнки в подобных случаях. А, еще я время до ухода диска в спячку увеличил до 4 часов, чтобы он почем зря не останавливался (тормозит потом пока шпиндель раскручивается).